Το κτίριο όπου στεγάζεται το 1ο Πειραματικό Γυμνάσιο Πειραιά κατασκευάστηκε το 1970.
Στη θέση του υπήρχε ένα όμορφο νεοκλασσικό κτίριο όπου στεγαζόταν από το 1876 αρχικά το Β΄ Παρθεναγωγείο, το οποίο το 1914 μετονομάστηκε σε Β΄ Γυμνάσιο Αρρένων Πειραιά.
Στην αρχή στέγασε το Β΄ Γυμνάσιο Αρρένων και το Β΄ Γυμνάσιο Θηλέων Πειραιά εναλλάξ τρεις μέρες πρωί – απόγευμα το ένα σχολείο και τρεις μέρες το άλλο. Κράτησε αυτή την ονομασία μέχρι το 1979. Από το 1976 που καταργείται το εξατάξιο Γυμνάσιο ονομάζεται Β΄ Γυμνάσιο Αρρένων, Β΄ Γυμνάσιο Θηλέων και Β΄ Λύκειο Αρρένων και Β΄ Λύκειο Θηλέων Πειραιά.
Από το 1979 αλλάζει ονομασία σε 1o Γυμνάσιο και 6o Γυμνάσιο, 1o Λύκειο και 6o Λύκειο Πειραιά είναι το έτος που γίνεται μικτό.
Από 1/9/2024 το 1o Γυμνάσιο Πειραιά μετατρέπεται σε 1o Πειραματικό Γυμνάσιο Πειραιά.
Σήμερα στο κτίριο της Αφεντούλη στεγάζοναι το 1o Πειραματικό Γυμνάσιο Πειραιά και το 1o Λύκειο Πειραιά.